Eine epidemische PRRSV-Infektion ist durch massive Reproduktionsstörungen gekennzeichnet, die bis zu drei Monate andauern können. Bei tragenden Sauen zeigt sich eine akute Erkrankung in Form von Aborten, mumifizierten, totgeborenen oder lebensschwachen Ferkeln. Viele der schwachen Ferkel sterben innerhalb der ersten Lebenstage.
Bei abgesetzten Ferkeln und Masttieren treten vor allem respiratorische Probleme, erhöhte Verluste und verzögertes Wachstum auf. Das klinische Bild wird dabei häufig durch Sekundärinfektionen verschärft.
In Gegenden mit hoher Schweinedichte ist ein Großteil der Bestände endemisch infiziert. Da zugekaufte Tiere und neugeborene Ferkel potenzielle Empfänger sind, können jederzeit wieder klinische Symptome ausgelöst werden. Somit ist die Jungsaueneingliederung ein wichtiges Element bei der Verhinderung einer Rezirkulation von PRRSV.
Bei wieder auftretenden Problemen können auch neue PRRSV-Varianten in den Bestand eingeschleppt und auf empfängliche Tiere übertragen worden sein. Um dies zu klären, kann die Sequenzierung der Virus-DNA sinnvoll sein. Nur wenn die Sequenzen zweier PRRSV-Isolate zu 98% übereinstimmen, werden sie als identisch definiert.
Für den Vergleich müssen bereits Virussequenzen erfasst worden sein. Zudem macht es Sinn, nicht nur die Informationen zum Genom zu hinterlegen, sondern auch die dazugehörige Klinik zu erfassen.