Die meisten Bakterien im Körper von Tieren und Menschen sind harmlose oder nützliche Keime. Das Antibiotikum unterscheidet nicht zwischen gut und böse. So können auch diese Keime resistent gegen Antibiotika werden. Diese Eigenschaft wird dann ggfs. entweder über Kontakt oder über das Fleisch auf den Menschen und seine Keime übertragen.
Untersuchungen zeigen, dass Keime von Mastschweinen vergleichsweise hohe Resistenzraten aufweisen. Die höchste wird in der Regel bei sechs bis zehn Wochen alten Ferkeln gefunden. Mit zunehmendem Alter sinken die Resistenzraten, können sich aber durch den Antibiotikaeinsatz schnell wieder erhöhen.
Vor allem bei Darmkeimen sind hohe Resistenzraten nachzuweisen. Bei guter Schlachthygiene findet sich nur ein geringer Teil dieser Keime auch auf dem Fleisch. Mitunter wird Schweinefleisch roh verzehrt, zum Beispiel als Mett, sodass die Keime nicht durch Erhitzen abgetötet werden.
Durch den völligen Verzicht auf Antibiotika in der Mast kann die Besiedlung der Tiere mit resistenten Keimen reduziert werden. In diesem Falle sind dann auch die Keime, die in Lebensmitteln vorhanden sind, weniger resistent.